İstanbul İl Sağlık Müdürlüğüne 27 Mart 2023'te söz konusu olayla ilgili CİMER üzerinden ihbar geldi. İhbarın 21 Mayıs 2023'te Mali Suçlarla Mücadele Şube Müdürlüğüne gönderilmesi üzerine Büyükçekmece Cumhuriyet Başsavcılığınca soruşturma başlatıldı.
28 Eylül 2023
Söz konusu çalışmalar kapsamında 28 Eylül 2023'te İstanbul İl Sağlık Müdürlüğünce il genelindeki tüm kamu, özel ve vakıf üniversitesi sağlık tesislerine olağan/olağan dışı yenidoğan yoğun bakım denetimlerinde temin edilen bilgi ve belgelerin (tutanak, epikriz, gözlem formu, tahlil, tetkik, hasta dosyaları vb.) incelenmesi, değerlendirilmesi, karara bağlanması, münferit veya ortak rapor hazırlanması amacıyla "Yenidoğan Yoğun Bakım Denetim Değerlendirme Komisyonu" kurulması istendi.
Yine soruşturma kapsamında şüphelilerin kimlik ve adreslerinin tespiti yapılıp mağdur ve tanıkların ifadeleri alındı. İlgili kurumlardan da evrak ve bilgi istenilen soruşturmada somut delillerin toplanmasının ardından harekete geçildi.
26 Nisan 2024'te İstanbul ve Tekirdağ'da, kimlikleri belirlenen şüphelileri yakalamak için eş zamanlı operasyon düzenlendi. Operasyonlarda toplam 47 kişi gözaltına alınırken, 22'si tutuklandı, ayrıca tanık ve mağdur ifadeleri alındı. Mayıs ayında, söz konusu özel hastanelerden Medilife Sağlık Hizmetleri Hastanesinin faaliyeti askıya alındı.
23 Ağustos
23 Ağustos'ta Sağlık Bakanlığı Müfettişliğince hazırlanan uzman görüşü raporunda, çocuk hekiminin, pratikte hemşirenin izlemine bırakılan yenidoğan bebeklerin yüzde 90'ının hayat haklarının ellerinden alındığı da raporda yer aldı.
30 Ağustos
30 Ağustos'ta tutuklu şüphelilerin avukatı Aylin Arslantatar, soruşturmayı yürüten Büyükçekmece Cumhuriyet Başsavcılığı Terör ve Örgütlü Suçlar Soruşturma Savcısı Y.E'yi aradı ve daha sonra makam odasına giderek hakkında suikast planlandığını, babasına ve annesine zarar verileceğini söyledi.
Savcı Y.E, bunun üzerine bünyesinde görev yaptığı Büyükçekmece Cumhuriyet Başsavcılığına ihbarda bulundu, soruşturma başlatıldı. Sonrasında Avukat Aylin Arslantatar ve Mustafa Kemal Zengin'in savcıyla görüşmeyi talep etmesi üzerine, mahkemeden alınan izinle makam odasına kayıt cihazı yerleştirilerek, görüşme kayıt altına alındı.
Soruşturma sürecinde, eylül ayında ise Bağcılar Özel Şafak Hastanesinin faaliyeti askıya alındı.
9 Ekim
9 Ekim'de soruşturmasını tamamlayan Savcı Y.E. fezlekesini hazırladı.Fezlekede, bebeklere yapılması gereken ancak yapılmayan tedavi ve bakım yöntemlerine yer verilerek, hastaya pasif ötenazi (Türkiye'de aktif ve pasif ötenazi uygulanmamaktadır. Kalp atımı tespit edilen her yenidoğan uygun canlandırma ve tedavileri alma hakkına sahiptir.) uygulandığı ve yenidoğan bebeklerin yüzde 90'ının hayat haklarının ellerinden alındığı vurgulandı.
11 Ekim
11 Ekim'de, Savcı Y.E'nin tehdit edilmesine ilişkin soruşturmada, kimliği belirlenen şüphelileri yakalamak için operasyon düzenlendi ve şüpheliler gözaltına alındı.
14 Ekim
14 Ekim'de emniyette işlemleri tamamlanan şüphelilerden 4'ü serbest bırakılırken, aralarında 2 avukatın da bulunduğu 8 zanlı Büyükçekmece Adliyesi'ne sevk edildi. Nöbetçi Sulh Ceza Hakimliği 8 şüpheliden 5'inin tutuklanmasına, 3'ü hakkında ise adli kontrol tedbiri uygulanmasına karar verdi.
16 Ekim
16 Ekim'de fezlekenin gönderildiği Bakırköy Cumhuriyet Başsavcılığı iddianame hazırladı. İddianamede, ölen 10 bebek "maktul", 5 kişi "müşteki", Sosyal Güvenlik Kurumu (SGK) İstanbul İl Müdürlüğü "suçtan zarar gören", 19 hastane ve sağlık şirketi "malen sorumlu", 47 kişi de "şüpheli" olarak yer aldı.